取卵数量多配成优质胚胎少与卵子质量有关，根据你的描述女方患有巧克力囊肿，其是子宫内膜异位到卵巢而引起的，本身会影响到卵子质量的，因此当巧囊部分的卵巢如果比较大，则会影响卵泡的发育和生长，从而导致卵子质量差或者不排卵，其次男方精子活力差也会影响胚胎质量，因此胚胎差与多方面因素有关，建议在日常可以吃辅酶Q10、维生素E等进行调理，可以在一定程度上提高卵子质量。